ปี พ.ศ. 2490 ได้มีพระราชกฤษฎีกาประกาศตั้งคณะแพทยศาสตร์ โรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ ขึ้นในสังกัดมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ แผนกกายวิภาคศาสตร์ เป็นหนึ่งในสามแผนกแรก ที่จัดตั้งขึ้น โดยมี ศ.นพ.บัณเย็น ทวิพัฒน์ เป็นหัวหน้าแผนกคนแรก

ประวัติสําคัญ ของฝ่ายกายวิภาคศาสตร์  ตั้งแต่เริ่มต้นจนถึงปัจจุบัน

พ.ศ. 2490 แผนกกายวิภาคศาสตร์ถือกําเนิดขึ้นโดยเปิด สอน 3 วิชา คือ มหกายวิภาคศาสตร์ (Gross Anatomy) วิทยาฮิสโต (Histology) และวิทยาเอ็มบริโอ (Embryology) ทั้งภาคทฤษฎีและภาคปฏิบัติ

พ.ศ. 2491 เริ่มเปิดสอนวิชากายวิภาคศาสตร์ เฉพาะที่ (Topographic Anatomy) และวิชาประสาทกายวิภาคศาสตร์ (Neuroanatomy)

พ.ศ. 2497 อาคารกายวิภาคศาสตร์ก่อสร้างเสร็จ และใช้เป็นที่เรียนวิชากายวิภาคศาสตร์แทนอาคารหลังเดิมคือที่พิพิธภัณฑ์กาชาด

พ.ศ. 2510 มีพระราชกฤษฎีกา โอนคณะแพทยศาสตร์ โรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ ไปสังกัดจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย

พ.ศ. 2513 มีการต่อเติมอาคารกายวิภาคศาสตร์เพิ่มเติม โดยสร้างเป็นอาคาร 4 ชั้น ขึ้นมาคู่กับอาคารกายวิภาคศาสตร์เดิม

พ.ศ. 2540 ประสบความสําเร็จในการทดลอง เรื่องการรักษาสภาพอาจารย์ใหญ่แบบนิ่ม (Soft cadaver) โดยสามารถรักษาสภาพเนื้อเยื่อไว้ได้ในอุณหภูมิห้อง ได้นานถึง 2 สัปดาห์

พ.ศ. 2551 ภาควิชากายวิภาคศาสตร์ ได้ย้ายมาทําการเรียนการสอนที่อาคารเรียน 11 ชั้น แห่งใหม่ (เริ่มก่อสร้างตั้งแต่ต้นปี พ.ศ. 2549) สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ได้เสด็จพระราชดำเนินทรงเปิดอาคารอย่างเป็นทางการ เมื่อวันศุกร์ที่ 27 มีนาคม พ.ศ. 2552 และพระราชทานชื่ออาคารว่า “อาคารแพทยพัฒน์”

ภาควิชากายวิภาคศาสตร์รังสรรค์ประโยชน์แก่ คณะ มหาวิทยาลัย และสังคมทั้งในด้านการพัฒนากระบวนการเรียนการสอนของนิสิตแพทย์ เป็นแหล่งความรู้ด้านการแพทย์ที่เกี่ยวข้องกับหัตถการและงานวิจัยทางการแพทย์ และให้ประชาชนทั่วไปมีความรู้ความเข้าใจด้านกายวิภาคศาสตร์

เจตจำนง

เป็นภาควิชาที่เป็นแบบอย่างที่ดีในด้านการสอน การวิจัย การบริการวิชาการ และการทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรมรวมทั้งเป็นแหล่งอ้างอิงข้อมูลทางวิชาการระดับชาติและนานาชาติ

ภาระหน้าที่

1. สอนกายวิภาคศาสตร์และเวชพันธุศาสตร์ แก่นิสิตแพทย์ นิสิตและนักศึกษาคณะหรือสถาบันอื่น ๆ ทั้งระดับปริญญาบัณฑิต และบัณฑิตศึกษา
2. สร้างงานวิจัยและองค์ความรู้ที่มีคุณค่าเป็นที่ยอมรับในระดับชาติและนานาชาติ
3. ให้บริการทางวิชาการทางการแพทย์ การตรวจวินิจฉัย และการป้องกันโรคทางด้านพันธุกรรม
4. ทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรมเพื่อดำรงไว้ซึ่งเอกลักษณ์และภูมิปัญญาไทย
5. ประเมินและพัฒนาคุณภาพของภาควิชาอย่างต่อเนื่อง
6. ส่งเสริมคุณภาพชีวิตที่ดีเพื่อประชาคมในองค์กร

ฝ่ายกายวิภาคศาสตร์ ประกอบด้วยหน่วยงานย่อยภายในฝ่าย ดังนี้

1. หน่วยงาน 5 หน่วยงาน ได้แก่ 

• หน่วยพันธุศาสตร์
• หน่วยมหกายวิภาคศาสตร์และศูนย์ฝึกผ่าตัด
• หน่วยวิทยาฮิสโตนและเซลล์ชีววิทยา
• หน่วยประสาทศาสตร์
• หน่วยวิทยาเอ็มบริโอ

2. ศูนย์เชี่ยวชาญเฉพาะทางอณูพันธุศาสตร์มะเร็งและโรคของมนุษย์

3. ห้องปฏิบัติการ

• ห้องปฏิบัติการวิจัยเส้นประสาท
• ห้องปฏิบัติการพันธุศาสตร์
• ห้องปฏิบัติการนาโนชีวเวชศาสตร์
• ห้องปฏิบัติการพันธุกรรมของมนุษย์
• ห้องปฏิบัติการเซลล์เภสัช
• ห้องปฏิบัติการกายวิภาคศาสตร์คลินิก

การให้บริการของฝ่ายกายวิภาคศาสตร์

1. การเรียนการสอน

2. งานบริการวิชาการ

• ศูนย์ฝึกผ่าตัด คณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย

3. งานวิจัยและนวัตกรรม

4. งานบริการทางการแพทย์เพื่อการวินิจฉัย

• ห้องปฏิบัติการเซลล์พันธุศาสตร์ ให้บริการตรวจวินิจฉัยความผิดปกติของ โครโมโซมแก่ผู้ป่วย 
• ห้องปฏิบัติการทางด้านประสาทกายวิภาคศาสตร์ ให้บริการตรวจชิ้นเนื้อผู้ป่วย

5. งานทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรม

• งานอาจาริยบูชา
• งานพระราชทานเพลิงศพผู้อุทิศร่างกายเพื่อการศึกษา เป็นกรณีพิเศษ